夫妻组合贷款还款时公积金直接抵扣，前提是用户先要去办理冲还贷申请，扣款就会直接从公积金余额里面进行划扣掉。

公积金冲还贷首先是冲还公积金贷款部分，如果公积金账户还有余额的话再去冲还商贷部分。如果冲还之后还有剩余的未还款，需要借款人自行将不足部分补上，等待银行全额划扣掉。

夫妻组合贷款通常需要设立两个独立账户，这两部分是分开贷款，组合贷款中公积金贷款和商业贷款的贷款期限必须保持一致。