军人住房公积金还款方式有两种，等额本息还款法和等额本金还款法，借款人只能选择其中一种还款方式，按期偿还贷款本息。

1、等额本息还款法：是在还款期内每月偿还同等数额的贷款(包括本金和利息)，即每月以相等的额度平均归还贷款本息。

2、等额本金还款法：是将贷款本金每月等额偿还，然后根据剩余本金计算利息，还款额在初期较多，而在随后的时间每月递减。