南京购买别墅贷款不可以用公积金还款，根据住房公积金管理中心规定，别墅、车库、商铺等都明确属于不可以使用公积金贷款的范畴。

通常购买车位、车库、商铺和别墅，不能申请住房公积金贷款，也不能提取住房公积金。公积金操作系统中有房源的新建联排别墅和存量二手联排别墅可以用公积金贷款。

可以申请公积金贷款或提取的房屋包括商品房、现住房、二手房、无产权住房和拍卖房。