公积金贷款还款是否扣余额要看借款者是否办理了公积金对冲业务。

公积金借款用户若办理了公积金对冲业务，系统就会先扣公积金余额还公积金贷款，公积金余额不够时，才从借款者还款银行卡中扣资金偿还贷款。如果用户没有办理公积金对冲业务，扣款就从还款银行卡中扣除，不会从公积金余额中扣除。

公积金余额较多，办理公积金对冲还款比较划算，因为公积金存在账户内没有多少利息。