交通银行公积金贷款还款日有补扣。

交通银行公积金贷款还款日会进行自动扣款，如果余额不足，就会扣款失败，通常银行会在当日进行补扣，借款用户要把足额资金存入还款银行卡中，等待银行系统再次扣款，这样就会足额扣款，这样还款属于按时还款，不会对个人信用产生影响。

如果借款用户发现扣款失败，也可以主动还款，例如进入手机银行或网上银行进行主动还款。只要在银行规定日期把钱还上就算正常还款。