公积金贷款还款只扣了一部分是因为还款银行卡里的余额不足，所以只扣除了一部分。

这种情况下借款人可以等银行系统再次进行自动扣款，也可以选择主动还款。如果银行系统只扣款一次，那么如果第一次扣款不足，那么借款人必须主动还款。如果系统再次发起扣款，那么借款人只要把还款额存入还款银行卡里，然后等待系统第二次进行扣款即可。