公积金贷款还款不一定从公积金账号扣。需要分为以下几种情况：

1、如果借款人办理了公积金对冲业务，那么公积金贷款还款的时候是扣公积金部分的，如果公积金余额比还款额多，那么会从公积金账户中直接进行扣除。如果公积金余额比还款额少，那么借款人需要向还款银行卡中存入扣除了公积金余额后的剩余部分；

2、如果没有办理对冲业务，那么不会扣除公积金部分。