公积金贷款不一定是用公积金余额还款，有以下两种扣除方式：

1、如果借款人办理了公积金对冲业务，那么公积金贷款还款是从公积金账户余额里进行扣除的。这种情况下银行会每个月从借款人的公积金账户中扣除每个月的还款额，如果公积金账户余额不足以支付月供，那么就需要扣除借款人银行卡中的钱；

2、如果没有办理公积金对冲业务，那么借款人需要在签约时指定还款账户，贷款银行每个月会从指定的账户中扣除月供。