自建房的贷款是可以用公积金还款的，只要农村建房手续齐全，并且符合相关的公积金提取条件，都是可以使用公积金的。

如果要提取公积金，需要提供相关资料，比如农村建房的规划许可证、房管部门宅基地批复或是建房的相关文件、购买建材以及其他建房施工所用费用的发票。

不同地区的相关规定可能是有所不同的，具体以当地的实际规定为准。