二套房商业贷款能用公积金还款，需要分为以下几种情况：

1、商业贷款转成公积金贷款。国内的很多城市都是支持商业住房贷款转公积金贷款的，但是不同的银行商转公的政策是不一样的，一些银行会要求借款人还完一年的房贷以后才能够申请将商业住房贷款转成公积金贷款，自然，如果借款人的第一套房屋用的也是公积金贷款而且没有结清，也是不可以申请的；

2、也可以将公积金余额提取出来还二套房商业贷款。