公积金贷款还款会从账户直接扣，相关用户在办理公积金贷款的时候可以委托“公积金中心”按月划转自己公积金账户余额进行还贷。

公积金还款是否是从公积金账户中扣除主要是看用户的选择，公积金贷款每月还款可以从公积金账户扣除，也可从银行的储蓄账户中扣款。

通常住房公积金账户内余额大于所需还款额时，从公积金账户内直接扣除。而账户余额不足以抵扣还款额时，需往公积金联名卡内存所需还款额。