公积金贷款还款不一定是扣余额里的钱。有以下几种扣款方式：

1、如果借款人在办理公积金贷款业务的时候，同时办理了公积金对冲业务，那么这种情况下公积金贷款还款就是扣公积金账户余额里的钱，系统会首先扣除公积金余额，用来归还公积金贷款，如果公积金余额不足，那么会再从还款银行卡里扣除资金用来还款；

2、如果借款人没办理对冲业务，那么就不会扣公积金余额。会直接从还款银行卡里扣款。