南通公积金贷款还款星期天是会扣钱的，公积金贷款放款成功后，在还款日这天即使是周末或者节假日，系统都会发起自动扣款，这个是不影响用户还款的。

对于借款人来说，不管会不会延期扣款，只需要在合同约定的还款日前，确保还款资金已经存入还款银行卡中，可以足额划扣就可以了。

公积金贷款扣款与周末无关，需要根据合同中的还款日查看。只要在还款日前将钱存入银行卡账号即可自动扣款。