公积金贷款后是否优先扣除余额，需要根据用户的实际情况而定，具体如下：

1、如果用户办理了公积金对冲业务，那么是会优先扣除余额还款的，只有第一个月还款是先扣卡上的钱，之后都是先扣除公积金贷款账户的余额，公积金余额不足再从还款卡里补扣。

2、如果用户没有办理公积金对冲业务，那么是不会优先扣除公积金账户的余额的。

3、如果是共同贷款，那么会优先扣除主贷人公积金账户、银行卡，不足再依次扣次贷人公积金账户、银行卡。