建行车主卡能处理单位车违章。有以下几种方式：

1、找到建行自助终端机，然后持卡人查询自己的违章记录，然后在违章自助缴费机上插车主卡进行缴费即可；

2、如果已经开了交通违章裁决书，那么持卡人可以扫描裁决书上的二维码或者手动输入裁决书代码，用车主卡进行处理；

3、持卡人也可以通过建设银行网上银行以及手机银行进行处理；

4、也可以通过银行柜台处理，但是只可以处理现场罚单，不可以处理电子抓拍，用户将罚单、身份证、驾驶证以及钱款一起交给柜台工作人员即可。