税务机关能冻结贷款保证金。

贷款保证金指在贷款机构在发放贷款之前，向借款人根据贷款金额的比例预收款项的做法，这些保证金在贷款发放之前交。

贷款保证金一般转入企业借款者在银行的特定账户中，保证金属于借款人，借款人是不可以使用，把贷款还清以后，保证金就归借款者所有，就能用了，银行有时银行把保证金当作借款人的存款，支付保证金的存款利息。