单位存单质押贷款的正当理由有以下几种：

1、银行有相关要求，对申请贷款的客户要求有一定的存款。

2、存单期限比较长，如果中途有临时周转用款，那么提前支取可能有较大损失。

3、因为项目贷款有财政贴息类的补贴，没有贷款得不到相应的补贴，采用这种办法变通一下。

4、有一些项目，如国债项目等需要企业配套一些贷款，应付上面来检查项目资金安排是否到位。