助学贷款多扣学费的原因可能是系统把贷款全部转给学校，学校还未将剩余的钱退回。

银行首先将助学贷款发放到学生的个人账户，然后贷款资金会从学生的个人账户划到学校财务处。

退回方法有以下两种：

1、与学校财务处联系并说明情况，学校将贷款情况查明之后是可以将扣除的贷款的部分的钱退还的。

2、与学校财务说明情况说明之后，即使学校因为手续问题不能将钱立即退还，但当生源地贷款的钱划入学校财务账户后，学校应该立即将此笔款项打入借款人的银行卡上。

以上属个人意见，具体以实际情况为准。