如果支付宝退款已入账，但是用户查不到钱可能是因为以下原因：

1、可能钱款到账时间是在节假日，退款到账以后，虽然银行已经入账了，但是退还的款项需要经过银联进行清算，节假日银行是不进行清算的，用户可以等到工作日再进行查询，看退款是否已经到账；

2、也可能是因为用户绑定的银行卡状态出现异常，这时退款到银行卡就会失败，这时会退款到用户的支付宝余额中。