信用卡支付商家是要扣除手续费的。

因为这也是发卡银行的一个主要的收入来源，根据发改委《关于优化和调整银行卡刷卡手续费的通知》规定:银行卡刷卡交易情形分为四大类别：餐娱类、一般类、民生类和公益类，其中餐娱类属于手续费最高的，而民生类属于醉的一种类别。