1、贷款的对象不同：公积金贷款对象是信用良好，缴存公积金的在职职工；商业贷款对象是所有符合条件的社会公众。

2、房屋的类型不同：住房公积金贷款只能用于购买70年产权的住宅，商业贷款申请住宅之外，也可以申请商住两用房。

3、贷款利率不同：公积金的贷款利率比商业贷款利率低。

4、贷款比例不同：公积金贷款比商业贷款比例高。

5、审批机构和审批时间不同：住房公积金贷款是通过住房公积金管理中心审批，决定权在住房公积金管理中心，银行只是执行机构，一般是在办理过户之后审核贷款，审批时间大约是40个工作日；商业贷款主要审核机构是银行，一般是在购房者办理过户之前审核贷款，审批时间大约是20个工作日。

6、贷款流程不同：公积金贷款是在办理过户之后审核贷款，申请商业贷款在办理过户之前审核贷款。

7、购买二套房时不同：公积金贷款受二套房贷的政策影响较小，可以享受优惠利率；商业贷款对二套房贷的政策性限制更多一些，利率更高。

8、年限和额度不同：商业贷款可以选择的还贷期更长更灵活，额度更高。