公积金5%和12%的主要区别在于公积金5%和12%缴费档次是有所不同的，所享受的福利待遇也是有所不同的，12%享受的待遇远高于缴纳5%的待遇。

公积金的缴纳比例越高越好，个人缴纳的公积金能够自己取出使用，因此能够缴纳高比例的公积金是最好的。