证券公司买基金和支付宝买基金的区别在于：

1、在证券公司买基金，既能购买场内基金也能购买场外基金，而支付宝只能买场外基金；

2、在证券公司买基金，手续费可能打折也可能不打折，而支付宝上买基金折扣较多；

3、在证券公司买基金，都有理财经理服务，而支付宝没有。