区别在于基金购买的手续费、基金性质、基金数量不同：

1.券商购买基金的手续费比支付宝基金更低。

2.券商基金投资可以投资场内基金，支付宝购买的大部分是开放式的场外基金。

3.券商代销的基金数量少于支付宝。