农村信用社修改限额有三种方式，具体如下：

1、用户登录农村信用社手机银行，然后用户可以通过“安全设置-交易限额设置”从而修改信用社的交易限额。

2、用户登录个人的ukey版网银，然后通过“个人设置-签约管理—手机银行签约”变更信用社限额服务。

3、用户可以携带本人身份证件以及银行卡或者存折，到农村信用社的任意营业网点办理修改限额业务。