农业银行的工本费一般都是一次性扣除，不会第二次收费，当然前提是没有补办和重开卡的情况，要是重新补办新卡，就需要重新缴纳工本费的。工本费主要是制作借记卡的人工费与材料费，但是也有部分银行办理卡是不收取工本费的。具体收费标准以发卡银行的规定为准。