用户的花呗只还清最低还款的话是不会影响信用的。根据官方的规定来说，只要用户还清了每个月应还的最低还款以后，剩余的未还部分就会按日收取万分之五的利息，用户只需要将剩余部分还清即可，因此只还最低还款，不算逾期，不会对个人信用造成影响。