3000花呗商家手续费是24元。在购买商品时，如果买家使用花呗进行付款，那么支付宝平台会根据规定向商家收取支付金额的0。8%的手续费用。使用花呗支付了3000元，手续费按照订单金额的0。8%收取的话，手续费需要24元，这时商家实际收到的是2976元。