房贷扣款余额不足补上后是否影响征信主要看补款是不是在第二次扣款期之前，房贷第一次扣款失败，会有第二次扣款的时间，通常为首次扣款失败后的3天内，只要在第二次扣款之前补足余额确保第二次能扣款成功，就不会对个人征信产生影响了。如果实在担心对个人征信有影响，可以联系银行工作人员，说明首次扣款失败的原因，及时补救。