花呗有额度还是不能向商家付款的原因可能是因为商家没有开通花呗服务，或者所购买的商品不支持使用花呗支付。此外，系统也会根据当前的交易情况来判断是否可以使用花呗付款，可能会出现，同一商品本次可以支付，下次就无法支付的情况。