1、股权的结构不同。村镇银行由商业银行控股，其他机构参股，而信用社一般是社员入股，而且股东人数一般比较多;

2、性质不同。村镇银行属于商业银行，而农村信用社属于非银行金融机构，主要服务农民;

3、规模不同。村镇银行一般其他地方都设有支行，农村信用社一般只在当地有。