微店分期还款时，用户只能在微店手机APP上进行还款。具体还款流程如下：

1.下载并注册：

在手机应用市场中搜索并下载微店APP，然后用手机号进行注册，然后登录个人账户。

2.绑定银行卡：

在首页下面点击“我的”，点击“银行卡”图标，然后填写身份证号码、银行卡号，完成银行卡绑定。

3.登录微店分期：

然后在“我的头像”下侧找到“微店分期”入口。点击进入分期界面，进行身份验证，输入身份证号码。

4.查看账单并还款：

个人身份验证通过后，查看已分期账单，然后点击“立即还款”。在还款界面选择合适的支付方式，输入支付密码完成还款。