花呗分期商家也要负担手续费的，花呗手续费是订单交易金额的1%，而且支付宝会自动扣取的。花呗分期，是由蚂蚁花呗提供授信，用于在购买商品时享受分期付款的服务，先购物，慢慢还，拥有所爱，无需等待。花呗分期产品还有以下特点：

(1)0首付，支持3、6、9期付款;

(2)3期享0手续费;

(3)还款超方便。

一般消费者在使用花呗购物的时候，商家需要向支付宝支付一定的手续费用是在确认收货的时候收取的，如果确认收货后发生退货或退款成功，则不会退手续费给商户。“花呗”收款服务收取的费用按照单笔交易款项收取，费率为1%。花呗分期有两种还款方式：主动还款和自动还款。