有的合法，有的不合法。具体分三种情况：

1、有的楼盘不允许购房人使用公积金贷款，极大可能是因为没有和公积金管理中心签订协议或者是其他的原因，比如有些在建楼盘的楼体还在建设中，尚未封顶，按规定是不能在公积金管理中心登记的。所以是合法的。

2、一些预售楼盘不允许购房者使用住房公积金贷款，最重要的原因就是开发商和银行有合作，即银行批准给开发商贷一定数额的金额，相对的开发商的楼盘的商贷只能在该银行申请。这个是不合法的。

3、有些楼盘不能使用公积金贷款是因为开发商自身的资质不合格，只有证件齐全获得批准的开放商才能有公积金贷款的资格，小产权房产或者非法房产不能使用公积金贷款。这是不合法的，为了您的财产安全问题建议查清，防止受骗。

这个说不准，没有正当理由的都是不合法的，因为特殊原因没有在公积金管理中心登记的，比如楼盘还没建成，楼顶还没封上的，就不可以登记。其他的因为嫌弃公积金贷款到账慢，跟其他银行合作互利共赢的都不合法。因为国家有规定楼盘在开发商获得预售许可证之日的30天之内必须向公积金贷款中心提出合作申请。也不得拒绝购房人用公积金贷款购房的要求。遇到这种情况建议拨打12329进行投诉，或者先在公积金管理中心合作的银行办理商贷再转公积金贷款。