首先，能购买的房屋类型不同：从能买的房屋类型来说，住房公积金贷款只能适用于购买有70年产权的住房、装修、租房等;商业贷款的话就没有这么多限制，不仅可以买住宅房，也可以买商住两用房。
其次，贷款额度和利率不同。公积金贷款的额度没有定数，住房公积金的贷款利率每年都会调整，简单的说就是如果贷款年限超过1年以上的利率会一年调整一次，不满一年的不调整;，一般根据当地情况而定。商业贷款的额度一般是不设上限的，但还是会根据家庭的总收入来裁定的。公积金的贷款利率虽然是一年一变，但是还是比商业贷款要低的。
再次，两者的贷款年限、贷款来源不同。一般来说，公积金的贷款年限为30年，而商业贷款一般不设限。
最后，两者的申请流程不同。两者都是在买房之前提出申请，住房公积金贷款则要通过公积金管理中心初审和复审来审核决定是否符合贷款的条件。但商业贷款只需要经过贷款银行审核通过就可以了。而正是由于公积金贷款买房的手续比较麻烦，所以就导致很多商品房的开发商不愿意把房子卖给公积金贷款的买房族。
