在南京买房，如果是用住房公积金贷款的话，二套房的首付在60%左右。你可以向当地的银行咨询关于住房公积金贷款二套房的相关政策。

二套房公积金贷款的流程

1、贷款人申请住房公积金贷款需到银行提出书面申请，填写住房公积金贷款申请表并如实提供所需资料

2、对资料齐全的借款申请，银行及时受理审查，并及时报送公积金核心。

3、公积金核心负责审批贷款，并及时将审批结果通知银行。

4、银行按公积金核心审批的结果通知申请人办理贷款手续，由借款人夫妻双方与银行签订借款合同及相关的合同或协议，并将借款合同等手续送公积金核心复核，公积金核心核准后即划拨委贷基金，由受托银行按借款合同的约定按时足额发放贷款。

5、以住房抵押方式担保的，借款人要到房屋坐落地区的房屋产权管理部门办理房产抵押登记手续，抵押合同或协议由夫妻双方签字，以有价证券质押的，借款人将有价证券交管理部或盟核心收押保管。

在南京申请住房公积金贷款应当具备下列条件：

1、按时足额缴存住房公积金在1年以上包括1年;

2、具有合法的购买或建造、翻建、大修自住住房合同或协议及相关证明材料，并且其合同或协议签订时间在2年以内;

3、有稳定的职业和收入，信誉良好，有偿还贷款本息能力;

4、采用济宁市住房公积金管理中心认可的担保方式，包括质押、保证和自然人担保、房产抵押，能够提供市中心认可的有效足额担保;

5、没有尚未还清并且数额较大，可能影响贷款偿还能力的债务。

希望我的回答帮助到了你。