契税和首套房是不一样的，因为银行和房管局界定的不一样，如下：

银行：首套房贷款还清够在购房办理按揭贷款的话算首套。

房管局：首套房还在自己名下的话在购买房子算二套房。

契税：首套房90平方以下1%，90平到144平1.5%，144平方以上3%，二套房3%

所以你这个概念完全弄错了，建议去了解一下。

对于你的这个问题 ，我想说的是若你之前有商业按揭，结清后可认定首套;若之前有一次公积金贷款，结清后满五年再贷也是首套。如果是市直公积金的话，认房又认贷。契税的收取方式跟贷款没有关系，只是名下有房子，都是二套房。所以在这里，你的问题是很含糊不清的，你首套房是采取什么样的方式贷款的呢，先看看自己的二套房是否可以算做首套，然后再说契税的事，不过两者的契税肯定不一样的。