提前还款时通常是先还商贷部分，因为商贷的利率要高于公积金贷款。但是有些时候行不通。例如，有些城市对组合贷款的还款方式有明确规定，如规定公积金贷款和商业贷款提前还款的数额要保持一定比例，不可以只还其中一种。

另外，很多城市规定，如果用公积金贷款账户余额提前还款，必须先还公积金部分，公积金贷款部分全部还清才可以还商贷。但是，如果购房者不是用公积金余额提前还款，而是用自有资金，那么可以选择先还利率较高的商贷部分。

提前还款一般是先还申请的年限较长的那种贷款。为组合贷款还款的时候，若公积金的贷款年限大于商贷年限5年以上的话，两者的利息上相差的就不是很大了，先还商贷相对于合算一些，但反之相差十年以上的话，就要仔细考虑一下了。

另外按照规定，如果借款人申请用自有资金提前还款，可选择优先冲还组合贷款的商业贷款部分或公积金贷款部分;但客户如申请用公积金提前还款，则只能冲还公积金贷款部分。