对于公积金贷款三套房的认定标准是这样的：

第一种：个人名下有两套房的商业贷款记录,一套已还清,另一套未还清,此时再贷款认定为三套房。

第二种:个人名下有两套房的商业贷款记录,全都已还清且出售,同时能够提供两套住房出售的证明,虽然个人名下无房,但再贷款时也会被视为三套房。

第三种:个人名下有一套房商业贷款已还清,另一套是公积金贷款也已经还清,此时不管申请公积金贷款还是商业贷款再买房,均视为三套房。

第四种:夫妻两人,一方婚前买房使用商业贷款,另一方婚前购房用的是公积金贷款,婚后两人想要以夫妻名义共同贷款,根据新政虽然都是婚前的个人贷款行为,但因央行征信系统中都存有记录,所以以夫妻共同名义贷款买房还是会算做三套房。

第五种:夫妻两人,一方婚前有房但无贷款记录,另一方婚前有贷款记录但名下无房产,婚后买房申请贷款视为三套房。

现在的房贷政策是，以家庭为单位，只要有两处房产就算三套，不管这两处房产有没有贷款记录;五年内有用购房的名义两次贷款，就算三套;不管商业贷款还是公积金贷款都算在内。不过不同地区实行的政策可能是不一样的，不知道你具体处于哪个城市，所以你最好到当地的银行问一下工作人员具体的情况。希望我的回答可以帮助到你。