二套房贷款跟首套房贷款有如下区别：

1、二套房贷款的贷款利率更高。就公积金贷款而言，二套房贷款的贷款利率，是要在首套房公积金贷款利率的基准上，上幅10%。其他商业贷款的二套房贷款利率，要以各商业银行规定为准，但总体来说，都是比较高的。

2、二套房贷款额度低很多。如在北京，首套房借款人最高可贷7成，但二套房最高借款人仅能贷3成。具体的贷款额度，以地区规定为准。

3、二套房贷款难度要大得多。当然，而二套房贷款的贷款难度，会比首套房贷款难度大很多，尤其是在遇到资金比较紧张的时候，二套房贷款往往很难申请到。

二套房贷款成本更高，具体包括以下两个方面：

税收比例不同：首套房面子在90平米(不含)以下1%，90-144平米(不含)1.5%，144平米以上3%;二套房一律3%。个别城市首套房二套房，契税按2%和4%缴纳。

房贷首付及利率不同：首套房贷款首付不低于30%(公积金不低于20%)，执行基准利率;首套贷款未还清的情况下，二套房贷款首付不低于60%，利率上浮1.1倍，首套贷款还清的情况下，首付不低于30%，利率上浮1.1倍。